La sede principal de la Dirección de Hidrografía y Navegación está ubicada en la calle Gamarra # 500 Chucuito-Callao. Para el cumplimiento de su misión DIHIDRONAV cuenta con equipos de última tecnología, moderno laboratorio y una dotación de personal profesional y técnico, especialistas en las diferentes áreas donde se desempeñan.

Orgánicamente, está dividido en 7 Departamentos Técnicos: Oceanografía, Centro Nacional de Alerta de Tsunamis,Navegación, Cartografía, Hidrografía, Señalización Naútica y Geomática.

Cuenta con 16 estaciones meteorológicas distribuidas en la Costa, Islas, Lago Titicaca, Madre de Dios e Iquitos; 12 estaciones mareográficas a lo largo del litoral; 55 faros ubicados en la costa, 5 en el Lago Titicaca y 5 en la Amazonía. Disponemos de 3 Unidades y 1 Embarcación Hidrográfica para realizar trabajos en el litoral y 2 Embarcaciones Hidrográficas de investigación en la Amazonía.